Det som også ble innsett var at det i religioner på ingen måte alltid fantes indre samsvar. Selv i relativt små stammesamfunn finnes det ofte riter og myter av betraktelig kompleksitet som normalt ikke utgjør ett ensartet, internt integrert og sammenhengende system. Religion gjennomgår forandring, og etter som et samfunn opplever kontakt med grannefolk eller invaderende folkeslag, skjer det tilvekst i både myte og ritual. Ulike riter og overbevisninger kan være knyttet til forskjellige situasjoner (f.eks. til å fremkalle regn, å sikre fruktbare avlinger, dyr eller kvinner; å gi beskyttelse; å forsterke allianser; å innvie aldersgrupper, osv.). Alle slike aktiviteter er rettet mot overnaturlige makter (hvordan de enn er definert), og av akademikere anerkjennes de som religiøse. Kodeksene for religiøs tro og praksis i mer teknisk avanserte samfunn er generelt mer omstendelig uttrykt og utviser større intern samstemthet og stabilitet, men selv i avanserte systemer finnes det fortsatt elementer av ulikhet. Intet teologisk system eller ingen skjematisering av overbevisninger angående det overnaturlige er i noen av verdens store religioner fullt ut samstemte. Det finnes alltid uforklarte levninger, og noen ganger åpne selvmotsigelser. I de fleste, om ikke i alle, samfunn overlever det i den generelle befolkningen levninger av gamle religiøse orienteringer, slik som elementer av folketro. Avløste religiøse systemer etterlater ofte sine levninger i de som erstattet dem. Derfor fant praksisene med å gi offergaver og organisere helligdomsprosesjoner, som var karakteristiske i Romerrikets hedningekulter, sin vei inn i kristendommen, akkurat slik mange gamle myter fra Midtøsten kunne finnes i kristen lære. I romertiden ble hedenske guddommer lett omformet til kristne helgener, og mer nylig har en lignende prosess funnet sted i Latin-Amerika. Bortsett fra disse fremmede elementene som fortsetter fra folketro, manifesterer hellige skrifter i alle de store religionene selvmotsigelser og uforenligheter. I religionens natur er det ofte tvetydigheter: religiøst språk hevder ikke å være klinisk vitenskapelig. Det søker å være poetisk, stemningsskapende og til tider følelsesladet, i stedet for snevert og kognitivt. Slike språk kan ofte ble gjentolket, tatt bokstavelig, allegorisk, billedlig eller symbolsk, og man får dermed forskjellige responser. Disse og andre kilder har, spesielt siden religiøse spesialister har søkt å få religiøse erklæringer til å harmonere med empiriske bevis, gitt opphav til uenigheter mellom disse lærde som til tider har valgt systemer med motsatt tolkning og eksegetiske prinsipper, noe som noen ganger har gitt næring til avvikende tradisjoner, selv innenfor det som allment er anerkjent som ortodoksi. Disse problemene utgjør da en kilde til religiøs ulikhet: Det oppstår en ny gjennom bevisst dissens.