På verdensbasis er Scientologykirken strukturert i forskjellige kirker med forskjellige navn i henhold til sin status og størrelse.
På det laveste nivået finnes grupper og misjoner i Scientology og Dianetics. Dette er små samfunn av scientologer, ledet av én eller flere ordinerte prester som leverer grunnleggende åndelige veiledningstjenester og religiøse seremonier, som kommer sammen for å studere skriftene i Scientology, men på det laveste nivået. De kan verken ordinere eller forberede prester for religiøse auditeringstjenester på OT-nivåene (OT: Opererende Thetan).
På det neste nivået har vi Scientologykirkene. Disse kan forberede og ordinere prester, og de leverer auditering opp til nivået Clear.
Over de sistnevnte har vi de avanserte kirkene. Disse trener prestene til det høyeste nivået og leverer prestelig veiledning på noen av Opererende Thetan-nivåene.
Scientologykirkens Flag-serviceorganisasjon i Clearwater i Florida er den høyeste av alle de avanserte organisasjonene. Den trener personer i de høyeste prestelige nivåene, og scientologer reiser dit for å ta seg opp til de høye OT-nivåene.
Et spesielt tilfelle er Scientologykirken som befinner seg på Freewinds, et skip som opererer i Karibia, og som leverer et spesifikt OT-nivå som ikke kan mottas i noen annen kirke.
Denne typen struktur på religiøse tjenester er felles for praktisk talt alle kjente religioner, for så vidt som de forskjellige nivåene av geistlige ikke er tilgjengelige i alle sentrene, men bare i de sentrale institusjonene (Roma, Tibet, Tel Aviv, Mekka). Det er der misjonærene, munkene eller prestene kan motta ordinering på det høyeste nivået.
Med hensyn til det religiøse samfunnet i Scientology, danner de et reelt samfunn av prester og religionsutøvere som lever i fellesskap, med en total hengivenhet overfor Kirkens formål og med avkall på verdslige forstyrrelser og forfengelighet.
Sjøorganisasjonen, som har fått navn etter den opprinnelige besetningen som bemannet skipene dens grunnlegger disponerte i den første tiden, har fem primære steder på jorden med ansvar for ulike funksjoner – selv om det finnes grupper av misjonærer og medlemmer i mange av landene hvor Scientology er til stede. Disse fem hovedkontorene ligger i East Grinstead (Storbritannia), København, Los Angeles, Clearwater i Florida og Sydney. I disse fem hovedkontorene kan man, mer enn noe annet sted, føle den ekte ånden til et samfunn som har viet seg til sitt misjons- og prestearbeid. Selv om prester i Scientology ikke har noen plikt til sølibat, ligner disse samfunnene i sin funksjon og sitt engasjement de i mange andre religioner, inkludert Den katolske kirke. Medlemmene i Sjøorganisasjonen følger en svært streng etikkodeks som omfatter svært etiske og monogame seksuelle forhold, total avholdenhet fra all bruk av stoff og full hengivenhet i ens liv for å oppnå religionens mål.
Selvsagt ligger treningen av prester til de høyeste nivåene, auditering til det høyeste nivået av Opererende Thetan, prestegjerning til organisasjonens høyeste nivåer og ansvaret for etikknivået i Scientology på internasjonalt nivå, bare i hendene på medlemmer av den religiøse ordenen kalt Sjøorganisasjonen, som utelukkende er viet til dette arbeidet.
