Den europeiske menneskerettsdomstolen utstedte en enstemmig skjellsettende avgjørelse den 5. april 2007 i Scientology-kirkens favør. Den opprettholder retten til religionsfrihet for scientologer og deres religiøse foreninger. Denne avgjørelsen gjelder i de 46 landene, inklusive Russland, som har underskrevet og ratifisert Konvensjonen om beskyttelse av menneskerettighetene og de grunnleggende friheter, vedtatt av Europarådet i 1950. Ved å avgjøre til fordel for Scientology-kirken bekreftet domstolen retten til religionsfrihet, ikke bare for scientologer, men for medlemmer av alle religioner i hele Europa.
l saken med tittelen Scientology-kirken i Moskva mot Russland (søknad nr. 18147/02) omstøtte menneskerettsdomstolen Moskva-myndighetenes avslag på registrering av Scientology-kirken i Moskva som en religiøs organisasjon. Scientology-kirken i Moskva ble offisielt registrert som en religiøs organisasjon i januar 1994, men ble nektet ny registrering ifølge loven av 1997, som begrenser registrering av religiøse organisasjoner, mens, ifølge flere rettsavgjørelser, kirken oppfylte alle kravene for å oppnå registrering i henhold til loven.
Domstolen avgjorde:
«I lys av domstolens kjennelser ovenfor at grunnene fremsatt av Justisdepartementet i Moskva og påtegnet av Moskvas domstoler til å nekte ny registrering av søkeren ikke hadde juridisk grunnlag, kan det konkluderes at ved å nekte registrering til Scientology-kirken i Moskva, handlet Moskvas myndigheter ikke i god tro, og de forsømte sin plikt til nøytralitet og upartiskhet vis-à-vis søkerens religiøse samfunn. I lys av det foregående anser domstolen at inngrepet mot søkerens rett til religionsfrihet og organisasjonsfrihet ikke var berettiget. Det har derfor funnet sted en overtredelse mot konvensjonens artikkel 11, lest i lys av artikkel 9.»
Denne saken er ekstremt betydningsfull fordi den bekrefter at i henhold til Den europeiske menneskerettsdomstolens dom, har Scientology-kirken, som andre nye religiøse organisasjoner i Det europeiske fellesskap, den samme retten til organisasjonsfrihet og retten til religionsfrihet som alle andre religiøse trossamfunn ifølge konvensjonen.
Den 24. September 2007 ble menneskerettsdomstolens enstemmige avgjørelse av 5. april 2007 endelig. Den bekreftet at Scientology-kirken har rettighetene til religionsfrihet, som enhver annen religiøs organisasjon, og den er beskyttet under artikkel 9 i Den europeiske konvensjonen om beskyttelse av menneskerettighetene.
Scientology-kirken i Moskva mot Russland bekrefter på ny og fastslår definitivt det som menneskerettighetseksperter, akademikere og tallrike nasjonale domstoler allerede har funnet: at Scientology er autentisk religiøs av natur og at Scientology-kirken er et religiøst trossamfunn som er berettiget til alle menneskerettigheter og religionsfrihetlige rettigheter som tilkjennes slike organisasjoner.
Scientology-kirken i Moskva mot Russland står som en skjellsettende dom som påvirker religionsfrihet over hele Europa, siden avgjørelsen har påvirket og i fremtiden vil påvirke religiøse rettigheter i alle land underlagt Den europeiske menneskerettsdomstolen.
En annen skjellsettende dom som beskytter religionsfrihet ble avsagt den 1. oktober 2009 av Den europeiske menneskerettsdomstolen. Saken var Kimlya og andre mot Russland og involverte en Scientology-kirke. Domstolen dømte enstemmig til fordel for to religiøse grupper i Russland og avgjorde at de har rett til å bli registrert som religiøse organisasjoner ifølge russisk lov. Avgjørelsen fastslo at disse gruppene og grunnleggerne av Scientology-kirken i Surgut og Scientology-kirken i Nizjnekamsk har rett til religionsfrihet og rett til organisasjonsfrihet ifølge artiklene 9 og 11 i Den europeiske menneskerettskonvensjonen.
Domstolen fastslo i domsavsigelsen at «søkerne var ute av stand til å oppnå anerkjennelse og effektiv nytelse av sine rettigheter til religionsfrihet og organisasjonsfrihet i hvilken som helst organisatorisk form. Den første søkeren kunne ikke oppnå registrering av Scientology-gruppen som en ikke-religiøs juridisk enhet fordi den ble ansett for å være et religiøst samfunn av de russiske myndighetene. Søknadene om registrering som en religiøs organisasjon som ble sendt inn av den første og andre søkeren som grunnleggere av sine respektive grupper, og også på vegne av den tredje søkeren, ble nektet på grunnlaget at gruppene hadde eksistert i et utilstrekkelig tidsrom. Den begrensede statusen som religiøs gruppe som de til slutt kvalifiserte for, og som den tredje søkeren falt under, tildelte dem ingen praktiske eller reelle fordeler, fordi en slik gruppe var fratatt juridisk person, eiendomsrett og juridisk kapasitet til å beskytte sine medlemmers interesser og var også kraftig hemmet i sine religiøse funksjoners fundamentale aspekter. Følgelig finner domstolen at det har funnet sted et inngrep mot søkernes rettigheter under artikkel 9, tolket i lys av artikkel 11.»
Den europeiske menneskerettsdomstolen gjennomgikk de russiske myndigheters avslag på å registrere en religiøs Scientology-gruppe som en religiøs organisasjon under Religionsloven av 1997 i Scientology-kirken i St. Petersburg og andre mot Russland (søknad nr. 47191/06). Scientology-gruppen i St. Petersburg hadde blitt nektet registrering under Religionsloven på det grunnlag at de ikke hadde eksistert i 15 år før registreringen, som Religionsloven av 1997 krever.
Den europeiske menneskerettsdomstolen henviste til sin avgjørelse vedrørende Scientologys religiøse grupper i Kimlya og fastslo at den begrensede statusen av religiøse grupper som ikke kan registreres under Religionsloven av 1997 «i virkeligheten ikke tillater medlemmer av en slik gruppe å nyte sin rett til religionsfrihet, hvilket gjør en slik rettighet illusorisk og teoretisk snarere enn praktisk og effektiv». Følgelig fant domstolen at de russiske myndighetenes avslag på å registrere Scientologys religiøse gruppe som en religiøs organisasjon utgjorde et inngrep mot deres rett til religionsfrihet, garantert av Den europeiske menneskerettskonvensjonens artikkel 9, tolket i lys av retten til organisasjonsfrihet, garantert av konvensjonens artikkel 11.
«Ved å nekte registrering til Scientology-kirken i Moskva, handlet Moskvas myndigheter ikke i god tro, og de forsømte sin plikt til nøytralitet og upartiskhet vis-à-vis søkerens religiøse samfunn. I lys av det foregående anser domstolen at inngrepet mot søkerens rett til religionsfrihet og organisasjonsfrihet ikke var berettiget. Det har derfor funnet sted en overtredelse mot konvensjonens artikkel 11, lest i lys av artikkel 9.»
for religionsfrihet i Den europeiske menneskerettsdomstol»