Hubbard kalles Grunnlegger av sin menighet. Dette samsvarer med en viktig skjelning foretatt i sammenlignende studier mellom «grunnlagte» og «etniske» religioner. De førstnevnte sporer deres opprinnelse til en eller annen person, selv når han ikke anser seg for å ha grunnlagt religionen (Jesus, Kong-fu-tse, Lao Tse). De sistnevnte har ikke noen navn som skal huskes, men har i stedet muntlige, etniske tradisjoner. En nødvendig prosess i oppbyggingsprosessen av enhver grunnlagt religion skjer når en indre krets av menigheten trer frem og samler seg rundt deres mester og er klar til å følge ham. Da en gruppe tilhengere besluttet seg for å etablere Scientologykirken i 1954, ble L. Ron Hubbard naturligvis kirkens åndelige leder. Etter å ha bestemt seg for å trekke seg tilbake fra sine plikter som direktøren for den voksende kirken, ble statusen til Grunnleggeren med tiden legendarisk.
Det ofte kritiske øyeblikket som følger etter stifteren av en religions fysiske død, var ikke særlig problematisk i Scientologys historie, fordi Hubbard i løpet av sitt liv hadde gitt fra seg de formelle funksjonene som leder av sin kirke. Allerede før han gikk bort i 1986, var Grunnleggeren blitt æret, og et rom i hver Scientologykirke rundt om i verden var blitt helliget ham. Uansett hvilken måte det måtte være skjedd på, har denne formen for prosess i en religions-fenomenologisk sammenligning vist seg å være en av de vesentligste i dannelsen av enhver eldre eller nyere religion som betrakter seg selv som å ha blitt grunnlagt av noen.
Selv om Scientologykirker, -misjoner og andre -sentre og -hovedkvarter gir inntrykk av et fungerende sosialt miljø, har de alltid et sted til dyrkelse, et hellig rom til ukentlig andakt og familieseremonier. Grunnleggerens ånd, som ifølge Scientology-skrifter om menneskelig overlevelse, er til stede selv etter at «L. Ron Hubbard forlot sin kropp» ved sin død i 1986, er uttrykt gjennom alle hans mange bøker og bilder.
Scientologykirken har sin egen mytologi om Grunnleggerens liv og lære. Den har også sin egen minnekalender over årsdagene i Grunnleggerens liv og kirkens historie.
Sjøorganisasjonen (eller Sjøorgen) er en spesiell orden som ble grunnlagt i 1967 da Hubbard besluttet å trekke seg tilbake fra sin stilling som Administrerende direktør for kirken for å konsentrere seg om sitt litterære arbeid om bord på et skip. De som den gangen var de første til å følge ham, ble kjernen i den nyetablerte religionen. Som tiden gikk, ble denne gruppen en mytisk modell som ble betraktet og respektert som kjernen blant de mest ivrige medlemmene av kirken. Alle medlemmer av Sjøorganisasjonen arbeider heltid for religionen som stabsmedlem i kirkene på de høyere nivåene. Et bevis for deres engasjement er ansettelseskontrakten i Sjøorganisasjonen som gjelder «for de neste milliarder år».
Denne formen for religiøs orden minner på mange måter om grupper av disipler som samlet seg rundt stiftere av verdensreligioner som Jesus eller Muhammad, eller munkeordenen rundt prins Gautama da han ble Buddha. Det er en veldig spesifikk manifestasjon av religiøs mytologi og symbolisme. Som sådan er det ett av kriteriene vi baserer vår konklusjon at Scientology er en ny religion på.
Det er typisk for medlemmer av kirkens religiøse orden at de til sammen danner en slags utvidet familie som helliger det meste av sin tid til å arbeide for og i kirken, og samtidig tar seg av hverandres daglige samt økonomiske behov, selv barna. Denne formen for livsstil er så vidtspennende at medlemmer av Sjøorganisasjonen vanligvis stifter familie seg imellom. Den menige sjømannsuniformen som bæres av Sjøorganisasjonens medlemmer, er en viktig samlende faktor på et både emosjonelt og sosialt nivå.
Størstedelen av kirkens medlemmer er menighetsmedlemmer som tar del i auditering, kurs og andre av Scientologykirkens tilbud, men bor og arbeider utenfor kirken. De kommer fra alle samfunnslag. De er en del av den lokale Scientology-menigheten og det religiøse samfunnet, og orienterer i forskjellig grad livet rundt Scientology som deres religion. De lever etter Scientologys etikkodekser og standarder og anvender Scientology-prinsipper og -metoder i deres liv, og oppdrar barna sine til å leve og oppføre seg som scientologer.
Mytisk sett overskrider denne åndelige forbindelsen i Scientologys lærer de normale grensene for menneskelig eksistens. I stedet for reinkarnasjon, som for eksempel inngår i hinduismen og buddhismen, har Scientology utviklet en særlig doktrine om «tidligere liv». Scientologer kan fortelle om sine tidligere liv, for eksempel under auditering når de beveger seg til tilstander av Clear og Opererende Thetan, og den harmoniske sinnstilstanden som oppnås som det endelige trinnet på Scientologys vei til åndelig opplysning, noe som minner om buddhistisk opplysning.
Scientologykirken ordinerer prester etter at de har gjennomgått et særlig presteutdannelseskurs. De trente og ordinerte prestene, både kvinner og menn, utfører ritualene som beskrevet i de rituelle håndbøkene. De viktige hellige handlingene dekker både prosedyrene for den ukentlige søndagsandakten og «overgangsritene» om de viktigste øyeblikkene i den menneskelige livssyklusen. Scientologykirken har vært nøye når det gjelder dette og har skapt flere modeller for navngiving, bryllup og begravelsesseremonier med mønstergyldige prekener holdt av Grunnleggeren.
