Et utvalg av forskjellige bekymringer synes å ha egget opposisjon mot Scientology, inkludert de som som regel vekkes i forbindelse med nye religioner i alminnelighet.
For det første kan Scientology vekke mistanke fordi den påstår å utlede åndelig innsikt fra anvendelsen av rasjonelle prosedyrer. De som går inn for tradisjonell religion, betrakter vanligvis religiøse verdier som noe som er fullstendig over det rasjonelle området, og blir kanskje støtt av ideen om at religiøse sannheter eller åndelig utbytte kan oppnås gjennom tekniske midler – midler forskjellig fra deres egne hellige oppfattelser om tilbedelse og moral. Rasjonelle prosedyrer og systematisk læring kjennetegner vitenskap, teknologi og økonomi, heller enn en søken etter gammel religiøs sannhet eller åndelig opplevelse. Fordi Scientology forbinder åndelige mål og rasjonelle, tekniske (og faktisk teknologiske) midler, har de som går inn for etablert religion en tendens til å fordømme den som ikke «virkelig» religion. De betrakter den som falsk fordi den benytter moderne kunnskap, heller enn gamle formler, minimerer eller gir avkall på alminnelige religiøse begreper som sakralitet og ritualer og antar en pragmatisk orientering for å forfølge religiøse mål. Idet de ignorerer i hvor stor grad religiøse gaver og donasjoner er viktige for alle religiøse organisasjoner, ser de også at i Scientology må tilhengerne betale for utgiftene for sin undervisning, som altfor handels- og forretningsmessig, for direkte et tilfelle av å betale for service til at det er passende for en religion. Således blir Scientologys økonomiske arrangementer fremstilt som utnyttende og derfor å diskvalifisere den bevegelsen som en religion. Men de som fremkommer med slik kritikk, unnlater å erkjenne at i etablerte kirker blir tvingende nødvendige finansielle krav uunngåelig rettet mot tilhengere, som i betalingen for en messe i den katolske kirken, i innførte pakter i noen protestantiske trosretninger, eller i tiende avkrevd, i fortiden, av de større kirkene, og som fremdeles blir krevd i utallige kristne sekter. Disse finansielle ileggelsene synes å være av et annet slag kun fordi betalingsprosedyrene er helliggjort av ofte gammel skikk, eller stadfestet av bibelsk hjemmel. Kritikere av Scientologykirkens økonomiske arrangementer ignorerer den fundamentale funksjonelle likheten til de økonomiske prosedyrene til tradisjonelle religioner ganske enkelt fordi formen atskiller seg og på grunn av den elde og hellighet de normalt er ikledd.
For det andre lover Scientology terapeutisk fordel fra å frigjøre enkeltpersoner fra virkningen av tidligere, traumatiske opplevelser. Det løftet kan forekomme konvensjonelle utøvere av psykiatri å være en utfordring, både til de teoretiske antagelser i deres praksis og, særlig, til teknikkene de anvender. Derfor er to grupper av fagfolk, geistlige og psykiatere, som kan sies å ha personlige interesser i disse tingene, tilbøyelige til å egge opposisjon mot Scientology, og hver av dem har en bredere støttegruppe av profesjonelle kolleger (for eksempel lærere og leger) og et stadig bredere publikum av lekfolk som de kan påvirke.
For det tredje beslutter noen av de som tar opp Scientology, å gjennomgå ytterligere trening for å bli kvalifiserte Scientology-auditører, og oppgir dermed mer konvensjonelle karrieremuligheter. Foreldre, slektninger og venner som ikke er innviet i Scientology, kan finne en slik beslutning alarmerende. Hvis et kjølig forhold til familie og venner følger et slikt religiøst valg, som noen ganger har vært tilfelle, gir dette ytterligere ammunisjon til de som er imot denne nye religionen – den blir i deres øyne «en kult som splitter opp familier».
Scientologykirken hevder, som kontrast, at åndelig utbytte kan realiseres i det nåværende livet. Scientology hevder at alle individer er iboende gode, og underviser i at alle skal ta ansvar for sitt eget liv og aktiviteter.
For det fjerde kan et mer generelt og utbredt aspekt av den kulturelle etikken til Scientology egge ytterligere opposisjon. Tradisjonell kristendom arver en generelt sett asketisk orientering til verden og har dyrket, vel utover kirkenes eller deres menigheters antagelser om den essensielle karakteren til sann religion, nettopp det at religion bør være høytidelig, noe som fremmer en asketisk etikk, og bundet til oppofrelse av verdslige bekvemmeligheter til fordel for å forberede seg på belønning i et liv etter døden. Den har vært opptatt av å fylle mennesket med en følelse av dets iboende syndighet og dets manglende evne til å oppnå frelse gjennom sine egne anstrengelser. Istedenfor ble folk pålagt å bare være avhengige av en frelser-gud. Scientologykirken hevder, som kontrast, at åndelig utbytte kan realiseres i det nåværende livet. Scientology hevder at alle individer er iboende gode, og underviser i at alle skal ta ansvar for sitt eget liv og aktiviteter. For kirkene er en religion som avviser menneskehetens iboende syndighet allerede en fornærmelse, men denne utfordringen blir ikke mindre ved det faktumet at den etikken Scientology omfatter, har en mye nærmere affinitet med den etos som er fremherskende i den verdslige vestlige verden av siste del av det 20. århundret, en etos med ettergivende hedonisme, som understreker menneskelig lykke og oppmuntring til folk om å realisere sitt fulle potensial. Selv mange ikke-religiøse mennesker, som aksepterer en verdslig hedonistisk orientering til verden, er ikke klare til å anerkjenne som religion en doktrine som oppgir den høytidelige fordømmelsen av hele menneskeheten som syndere, og så lite som de kanskje bevisst aksepterer den tradisjonelle kristne posisjonen, motsetter de seg ikke desto mindre en religion som i disse fundamentale tingene atskiller seg fra den. Derfor, fordi noen enda ikke er klare til å oppgi den tradisjonelle verdensanskuelsen, og fordi andre mener at selv om de ikke selv støtter den etikken, er det ikke desto mindre et anliggende for religion å gjøre det, trekkes meget forskjellige deler av offentligheten sammen i opposisjon mot den nye religionen Scientology.
